Los cambios para su versión 2013 son menores. A pesar de esperar una mayor diferencia con sus antecesores el CR-Z 2013 permanece casi igual. Gracias a una nueva parrilla con nido de abeja y a los nuevos aros de 17¨, el vehículo adquiere un “look” mas deportivo.
El resto del vehículo, incluyendo los faros como la forma de los parachoques permanece sin cambios apreciables. A nivel mecánico, Honda ha dado mas énfasis al modelo mejorando el motor eléctrico además de la inclusión del Plus Sport System, que mejora la respuesta del vehículo en términos de consumo.